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Sarà l’evoluzione dell’architettura cromatinica in 3D nella leucemia acuta il titolo del secondo seminario di biologia computazionale dell’anno 2023, organizzato dall’Università di Napoli ‘Federico II’, con il supporto di Biogem. Ne parlerà il professore Aristotelis Tsirigos, attualmente docente di Patologia generale alla New York School of Medicine, dove è anche co-direttore della Medicina di precisione e direttore dei laboratori di Bioinformatica applicata.

Nel corso del seminario, in programma in videoconferenza il 24 marzo alle ore 15 al link shorturl.at/iCP13, il professore Tsirigos farà leva sui 18 anni di esperienza nella genomica e nella machine learning, maturati alla New York School of Medicine e alla IBM Research. Un’esperienza rafforzata dalla guida di una squadra di una trentina di ricercatori, tra biologi computazionali e data scientists, insieme ai quali ha svolto ricerche principalmente nei settori dell’epigenetica del cancro, dell’organizzazione cromatinica e della diagnostica basata sull’intelligenza artificiale, in ambito, prevalentemente, oncologico e cardiovascolare. Settori nei quali Aristotelis Tsirigos può vantare oltre 140 pubblicazioni in riviste peer-reviewed.

Ettore Zecchino

Una lezione sull’oncologia di precisione nel carcinoma del colon-retto sarà tenuta a Biogem, lunedì 20 marzo, dal dottore Nicola Normanno, Direttore dell’Unità di Biologia Cellulare e Bioterapia dell’Istituto Nazionale per lo Studio e la Cura dei Tumori Fondazione ‘G. Pascale’ di Napoli. Il seminario, in programma alle ore 12:00 e fruibile anche in videoconferenza al link : https://meet.goto.com/137027125, costituirà un’occasione per presentare i risultati di studi conclusi e ancora in corso, su possibili rimedi farmacologici per il trattamento dei pazienti con carcinoma del colon-retto in fase avanzata o metastatica.
‘’Attualmente  - anticipa il dottore Normanno - sono disponibili numeri limitati di biomarcatori e corrispettivi farmaci di precisione. In particolare, gli anticorpi monoclonali, diretti contro il recettore dell’epidermal growth factor (EGFR), sono utilizzati per il trattamento di pazienti con carcinoma del colon-retto privo di mutazioni dei geni KRAS o NRAS. La loro efficacia è, tuttavia, ridotta da meccanismi di resistenza intrinseci o acquisiti’’.
‘’ Il nostro gruppo di ricerca – assicura Normanno - è coinvolto in numerosi studi clinici rivolti all’individuazione di biomarcatori di sensibilità/resistenza agli anticorpi monoclonali anti-EGFR, al fine di migliorare la selezione dei pazienti con carcinoma del colon-retto metastatico che possono beneficiare di questa strategia terapeutica’’.
Al seminario seguirà una visita dei laboratori di Biogem da parte del dottore Normanno, tra i primi, con il suo gruppo di ricerca napoletano, a utilizzare tecniche basate sul sequenziamento di nuova generazione (NGS) per la scoperta di biomarcatori negli studi clinici sul carcinoma del polmone e del colon.

Ettore Zecchino

La lezione, tenuta dal direttore senior di Dompè Farmaceutici, Andrea Beccari, inaugurerà la terza edizione dei seminari di biologia computazionale, organizzati dall’Università di Napoli ‘Federico II’, con il supporto di Biogem. L’incontro, in programma in videoconferenza al link http://shorturl.at/hyBDI si svolgerà venerdì 17 marzo alle ore 15:00 e sarà un’occasione per esaminare il valore potenziale del calcolo ad alte prestazioni in ambito sanitario. Un’attività che ha lungamente impegnato Andrea Beccari, soprattutto nel suo ruolo di promotore e coordinatore dell’Italian Drug Discovery Network. Un faro verrà acceso, in particolare, sullo sviluppo di simulazioni in silico, fino alla scala necessaria per fornire trattamenti personalizzati e di medicina predittiva.

Ettore Zecchino

È di Antonio De Falco, ricercatore nel laboratorio di Bioinformatica del centro di ricerca irpino, la prima firma di una ricerca, appena pubblicata dalla rivista internazionale ‘Nature Communications’, sulla caratterizzazione della composizione del microambiente tumorale e sullo studio dell'eterogeneità tumorale ad alta risoluzione.

Nell’articolo si descrive, in particolare, un nuovo algoritmo, Single CEll Variational Aneuploidy aNalysis (SCEVAN), sviluppato per ottimizzare la deconvoluzione della struttura subclonale del tumore, a partire da dati RNA-seq a singola cellula. ‘’Tale algoritmo – chiarisce Antonio De Falco - permette automaticamente di riconoscere le cellule non maligne del microambiente tumorale ed è in grado di classificare le alterazioni genomiche per ciascuna cellula’’. ‘’In pratica – continua De Falco – in seguito alla separazione delle cellule non maligne del microambiente tumorale da quelle maligne, l'algoritmo ricava automaticamente il profilo del numero di copie delle cellule maligne, identifica le strutture sub-clonali e analizza le alterazioni e le caratteristiche specifiche di ciascuna sottopopolazione’’.

I ricercatori dell’Istituto irpino hanno applicato l’algoritmo a 106 campioni tumorali, per un totale di oltre 90mila cellule, in modo da poter studiare i processi di evoluzione e diffusione dei tumori celebrali, con un’altissima risoluzione. L’algoritmo, applicabile a tutti i tipi di tumore e già utilizzato da diversi laboratori in ambito internazionale, ha quindi permesso di scoprire le alterazioni specifiche acquisite dalle cellule alla periferia del tumore.

‘’L’eterogeneità tumorale, cioè l’insieme delle differenze fra i vari tipi di cellula tumorale e le interazioni fra le cellule maligne e quelle circostanti (chiamate microambiente) è alla base della resistenza alle terapie e spesso induce la re-insorgenza del tumore’’. A spiegarlo è il professore Michele Ceccarelli, responsabile del laboratorio di Bioinformatica e vice-direttore scientifico di Biogem, secondo il quale – ‘’i risultati ottenuti dimostrano che l’algoritmo SCEVAN rappresenta uno strumento valido e veloce per studiare l'eterogeneità intratumorale e l'evoluzione clonale del cancro, e il nostro metodo permette di analizzare, in modo rapido ed uniforme, una quantità elevata di campioni con alta accuratezza’’.
‘’Un aspetto fondamentale – assicura infine Ceccarelli – soprattutto nell’ambito dei Big Data, caratterizzato da un incremento esponenziale di dati da analizzare’’.
È possibile leggere l’articolo al seguente indirizzo: https://t.co/lH6gnUp6df

Ettore Zecchino